L'histoire ancienne du Burkina Faso est moins documentée, mais des traces d'une civilisation néolithique remontant au premier millénaire avant J.-C. y ont été découvertes, avec des outils en pierre taillée, des motifs gravés et de la poterie.
La protohistoire voit l'arrivée de vagues de cavaliers qui ont établi une aristocratie militaire sur les structures existantes. Ces nouveaux arrivants ont noué des accords avec les populations autochtones, qui conservaient la propriété des terres. Cette organisation sociale, avec des chefs de canton et des chefs de terre, perdure encore aujourd'hui.
Plusieurs royaumes et empires ont marqué cette période, notamment les royaumes sahéliens entre 700 et 1900, l'Empire du Ghana (vers 300-1200) et l'Empire du Mali (vers 1230-1600). Parmi les entités les plus connues sur le territoire actuel du Burkina Faso, on trouve les royaumes mossis, qui ont joué un rôle majeur dans l'histoire de la région.
Au XIXe siècle, de nouvelles vagues d'immigration s'accompagnent d'une islamisation croissante, notamment avec les Peuls qui contrôlent l'est de la Volta dès 1810. Le Mogho Naaba de Ouagadougou, chef des Mossis, est alors sous pression constante.
La société précoloniale burkinabè était caractérisée par une grande diversité ethnique (plus de 60 ethnies), avec des organisations sociales variées. De nombreuses sociétés étaient structurées en clans et en castes, incluant des nobles, des artisans (forgerons, tisserands, griots, etc.), des hommes de religion et des captifs. L'agriculture et l'élevage étaient les principales activités économiques, avec des cultures comme le mil, le sorgho et les arachides. La chasse jouait également un rôle primordial pour l'approvisionnement alimentaire chez certains groupes.
La chefferie traditionnelle a toujours été au cœur des événements sociopolitiques, agissant souvent comme médiatrice et conseillère. Les femmes jouaient également un rôle significatif dans la gestion de la cité, parfois en tant que chefs de structures sociales ou conseillères.